일본 정부도 북한 김정일 국방위원장의 사망과 관련해 공식으로 애도의 뜻을 표시했다.
노다 요시히코 총리는 긴급 안전보장회의를 주최하고 내각에 경계태세를 지시했다.

 
후지무라 오사무 일본 관방장관은 "일본 정부는 김정일 북한 국방위원장의 갑작스러운 사망 소식을 접하고 애도의 뜻을 표한다"고 밝혔다.
또 이같은 급격한 변화가 한반도의 평화와 안정에 나쁜 영향을 미치지 않기를 바란다고 밝혔다.

한편 노다 요시히코 총리는 김정일 북한 국방위원장의 사망과 관련해 내각에 긴급 경계태세를 지시하는 등 일본 정부는 오후 내내 긴박한 모습을 보였다.

노다 총리는 김 국방위원장의 사망 소식이 알려진 직후인 오후 1시 긴급 안전보장회의를 소집해 관계 각료들에게 "충분한 정보를 수집하고 경계 태세를 갖추라"고 지시했다.

한국 미국 중국과의 긴밀한 정보 공유 등도 내각에 주문했다.
일본 정부는 또 총리 관저의 위기관리센터에 김 국방위원장의 사망과 관련해 대책실을 설치했다.

이 밖에 일본 경찰은 긴급 경비대책 본부를 설치하고 전국 주요 시설의 경계를 강화한 상태다.

일본 방송들은 정규 방송을 중단한 채 특보를 편성하며 김 위원장 사망 소식을 전하고 있고, 신문들은 '金正日 總書記死去(요미우리)' '北朝鮮の金正日總書記死去(아사히)' 등의 기사를 실은 호외를 발행하는 등 긴급히 소식을 전했다.

하지만 일본 국민들은 김위원장의 사망 소식에 놀라운 모습을 보였지만 특별한 동요 없이 김 위원장 사망 이후 급변 가능성이 점쳐지는 한반도 주변 정세에 대해 주목하고 있다.

일본 정부는 최근 건강 이상설이 없던 김 국방위원장의 돌연한 사망 원인과 북한의 내부 상황, 후계 구도 등에 관한 정보 수집에 총력을 쏟고 있다.

외무성의 한 간부는 "김 국방위원장의 사망으로 2012년으로 예상됐던 김정은으로 권력이양이 빨라질 것으로 보인다"고 전망했습니다.

아사히신문은 북한이 김 국방위원장의 사망에 따라 김정은을 중심으로 한 체제로의 이행을 선언했지만 권력이행의 전개에 따라 내부 혼란으로 인한 난민 발생 가능성, 핵무기의 향방을 둘러싼 불투명성 등으로 정세가 긴박해질 가능성을 배제할 수 없다고 내다봤다.

신문은 "김정은은 아직 20대의 약관으로 후계작업이 충분히 진행됐다고 할 수 없다"면서 "국내 경제도 피폐해 불안정한 상황이 계속될 것으로 보인다"고 전망했다.

요미우리신문은 북한 매체를 인용해 김정은 통치로의 이행이 공식화했다고 전하고 "북한은 향후 권력이행기에 불안정해질 가능성이 높다"고 보도했다.

이 신문은 김 위원장이 김일성 주석의 사후 약 20년에 걸쳐 착실하게 권력기반을 구축했지만 김정은은 당과 군에 권력승계의 기반을 준비한 기간이 충분치않아 어느 정도까지 권력과 민심을 장악했는지가 불투명하다고 분석했다.

마이니치신문은 김정일의 사망으로 김정은이 왕조의 후계자가 되었지만 후계체제의 행방이 불투명하고 경제난과 외부 정보 유입 등으로 불안정 요소가 산재해있다고 보도했다