15일 발표된 검찰의 2007년 남북정상회담 회의록 폐기와 관련 검찰은 참여정부의 고의삭제로 결론냈다. 이에 대해 노무현 전대통령측과 민주당은 정치검찰의 짜맞추기 수사였다며 어느정도 예상된 것이었다고 강력 반발했다.

검찰의 발표와 친노 진영은 우선 대화록 삭제의 고의성 부분이다. 검찰은 참여정부에서 고의적으로 대화록 원본을 삭제했다고 결론지었다.

서울중앙지검 이진한 차장검사는 15일 수사발표를 통해 노무현 전 대통령이 삭제를 지시했고 백종천 전 청와대 외교안보실장과 조명균 안보정책비서관이 구체적으로 이행해 '고의성'이 있다고 밝혔다.

대통령 기록관으로 이관되지 않은 것도 노 전 대통령의 지시에 따른 것이라고 밝혔다.
검찰은 회의록 삭제 및 미이관에 적극적으로 관여한 백 전 실장과 조 전 비서관 등 2명을 대통령기록물관리법 위반과 형법상 공용전자기록 등 손상 혐의로 각각 불구속 기소했다.

이에 대해 노 전 대통령측은 노 전 대통령의 삭제 지시가 없었다고 반박했다. 노 전 대통령을 흠집내려는 정치검찰의 행태라고 일갈했다.

노 전 대통령측이 대화록 원본을 고의로 삭제했다고 밝혀 참여정부가 정상회담 대화록을 불리한 내용을 숨기기 위한 것처럼 비쳐지도록 헀다는 것이다

이에대해 조명균 전 청와대 안보정책비서관은 언론과 통호에서 "보존할 필요가 없는 초안을 정리한 것"이라며 "검찰의 기소가 납득이 가지 않는다"고 말했다.

조 전 비서관은 이날 연합뉴스와의 통화에서 "1월에는 검찰 조사에서 노 전 대통령의 삭제 지시가 있었다고 진술했지만, 이후 잘못된 진술이었다고 번복했다"며 "이 상황에서 검찰이 예전 진술만 얘기한 것은 고의성이 있었다고 강조하기 위한 것"이라고 발혔다. 검찰이 고의성을 강조하기 위해
의도적으로 진술을 빠뜨렸다는 것이다.

조 전 비서관은 특히 "노 전 대통령이 '정권교체기에 보안문제 발행하지 않도록 해라. '불필요한 것은 정리'를 해라' 이런 정도의 지시가 있었을 것"이라면서 "거기에 따라 '초안은 보존할 필요가 없으니까 삭제조치를 해달라'고 (관련 부서에) 한 것"이라고 설명했다.

이병완 노무현재단 이사장은 국회에서 기자회견을 열어 "정치검찰의 짜깁기수사, 짜맞추기 표적수사의 전모가 드러난 예고된 결론"이라며 "확인된 것은 노 전 대통령이 정상회담 회의록을 정확하고 상세하게 역사에 남기고자 최선을 다했다는 사실"이라고 반박했다

대통령기록관으로 이관문제와 관련해서도 검찰과 노 전대통령측은 충돌하고 있다. 검찰은 대통령기록관으로의 (수정본) 미이관도 노 전 대통령이 지시에 따른 것이라고 밝혔다.
그러나 노 전대통령측은 "실무진 착오로 정상회담 회의록이 이관되지 않았다"고 반박했다.